濕地保育法施行九年，學者批評，許多重要濕地不僅沒被保護，反而面臨光電等開發危機，甚至遇到地主抗爭就退縮棄守；台灣濕地保護聯盟也感慨濕地法許多條文沒落實也待檢討，造成重要濕地經營管理艱辛，新申請重要濕地也大不易。

環保團體指內政部先前迫於開發壓力，曾造成濕地面積大幅縮水九六○二公頃。另一現象是地方政府不願扛責，以致重要濕地化為泡影，例如宜蘭頭城的竹安濕地有一四一七公頃，生態資源豐富，但因九成以上是私有農地，地主激烈抗爭，宜縣府最後決定取消畫設。

內政部國家公園署指出，立法前指定重要濕地過程並無民眾參與，為求周全，濕地法要求再評定，並與畫設的權利關係人溝通，遇民眾強烈反彈，只能尊重地方。

台灣海洋大學榮譽講座教授邱文彥說，國家公園署管六十幾處濕地，人和預算的量能都嚴重不足，以彰化海岸濕地遲未畫設國家重要濕地為例，離濕地法的精神愈來愈遠。他並呼籲內政部檢討濕地法子法，強化開發破壞濕地的異地或生態補償機制，並為更多人工濕地開路。

濕地聯盟秘書長鄭仲傑表示，接受內政部委託經營濕地，但每年委辦經費與實際營運需求的落差大，須自籌經費補缺口，才做得了最基本的環境教育，缺乏永續財源，立法要設濕地基金也是喊假的。

鄭仲傑感受更深的是新申請重要濕地難上加難，例如流程要跑兩遍，包含要先審濕地分析報告，再審濕地保育計畫，兩趟下來曠日廢時；另對新設人工濕地條件嚴苛，常以生態不夠豐富為由退件，「本以為政府對濕地的態度是多多益善，這幾年看下來，不要告訴我政府真的有在重視濕地」。

彰化環保聯盟總幹事施月英也說，政府歡迎台積電等台商設廠，都會設一條龍服務窗口，對ＮＧＯ申請畫設重要濕地，不僅被動消極，還一再退件阻撓，雙標態度讓保育界心寒。