監督施政聯盟兼任研究員徐宛鈴表示，農地變更成光電開發，損失的遠不只是生態，還有對於淨零碳排最具貢獻的農地碳匯、微氣候、糧食安全等，該指引最大的問題是沒有強制性，也沒有監管查核及裁罰機制，應針對能源開發進行整體政策環評、提出能源用地白皮書等上位計畫，才能有整體規畫和用地評估。

高雄市馬頭山自然人文協會會長黃惠敏表示，珍稀保育類的穿山甲扮演維持森林生態平衡的重要角色，台灣穿山甲野外族群密度可能高居全球之冠，這次農業部要訂定指引鬆綁農地光電的門檻，保護對象僅指認瀕臨絕種野生動物如石虎、草鴞，卻未將穿山甲及其他環境敏感動物列入，如今卻為了開發綠電而破壞自然生態，這樣荒謬的綠能政策實在無法苟同。

彰化縣環境保護聯盟研究員林政翰表示，農業部已公告不利耕作區和漁電共生區可供開發光電，並鼓勵農業設施發展屋頂型光電，目前仍有超過2萬公頃尚未被申請開發，經濟部和農業部應將更多的力氣放在屋頂型光電或這盤點出來的2萬公頃，但「指引」在法律位階上僅屬行政指導，不具有任何法律效力，也沒有任何罰則約束，淪為橡皮圖章。

台灣石虎保育協會專員陳祺忠表示，如果農業部只是在能源署、經濟部及行政院等這些希望衝出光電發電量的部會和官員壓迫下，被迫打開農地變更光電大門，便是毀掉農業部生態保育名聲。

農業部回應，現行農業用地變更審查，是依據「農業主管機關同意農業用地變更使用審查作業要點」規定，由中央及地方農業主管機關依水利、地政、農務、水土保持、生態保育等多元面向進行綜合審查後，始作成是否同意農業用地變更使用的決定，本指引草案僅就涉及生態部分提供指引，也非農業用地變更審查准駁的唯一依據。

農業部指出，石虎棲地並未完全開放設置光電，對於預定設置光電區域經圖層套疊，位於瀕臨絕種野生動物已知出現區域，若為利用強度較高的廊道、覓食或繁殖地，建議不予同意變更。