農地違章工廠排廢汙染良田，環保署擬建置監測系統及早預警。環團指出，肯定環保署願意監測灌溉水質，但農地工廠新增速度快，不一定在官方列管範圍，且監測數量有限，可能有漏網之魚，源頭仍是要嚴管農地工廠，徹底落實即報即拆。

彰化縣環保聯盟總幹事施月英說，水質監測愈即時愈好，但如果監測的點位不夠多，效果也有限。過去曾聽說農田水利會發現水質遭汙染，但後續沒有環保單位介入，因此落實執法仍是最重要的一環。

施月英說，長期走訪地方農田觀察並舉報違章工廠，發現政府根本沒在抓，尤其工輔法修正通過後，農地工廠新增速度愈來愈快，承作鐵皮屋業者還說「過年後訂單接不完」，有人研判是台商回流需要廠房。但也是看準政府不會抓，導致非法業者肆無忌憚，根本不怕。

工輔法雖明定二○一六年五月廿日後的新增農地工廠「即報即拆」，但地球公民基金會山林國土組研究員吳沅諭說，農地工廠仍在持續增加中，許多被檢舉了也沒被拆，因為政府稽查沒落實；還有業者看到「隔壁沒被拆」，自己乾脆也蓋起來，難以遏阻農地違章工廠發展。

吳沅諭說，中高汙染農地工廠雖有跨部會聯合稽查機制，但各部會角色分工沒確認，私下詢問地方政府，發現許多公務員都不清楚稽查流程跟作法，公民團體因此無法監督。

吳沅諭說，環保署雖主動監測水質，但治標不治本，有權利勒令農地違章工廠停工、斷水斷電的是經濟部跟地方政府，若等環保署「監測」到水質被汙染才來做事，不但耗費人力成本，也沒辦法真正解決農地工廠問題，應回歸斷水斷電及落實稽查。