16日，立法院社福衛環委員會召開「深澳發電廠內保育區範圍劃定之環評爭議」專案報告會議，針對深澳灣的瑞芳保育區建設防波堤爭議進行釐清，沒想到上午詢答尚未結束，環保署長李應元竟趁藍委王育敏代理主席之際，向王育敏謊稱已事先向藍委陳宜民主席請假，逕自離場不歸，讓後來想繼續質詢的委員楊曜、陳瑩與黃國昌等人不滿。深澳電廠爭議不斷，身為環保署長卻逃避立委質詢，也讓外界一片譁然。
今19日，台灣健康空氣行動聯盟聯合多個環團召開記者會，譴責李應元藐視國會，除了認為李應元應該出來解釋清楚，更直批李應元應該要下台，彰化縣環境保護聯盟總幹事施月英就痛罵：「他是完全沒有核心價值的署長，這樣待下去只會繼續破壞我們的環境。」環保署長本應成為守護人民健康、環境資源的最後一道防線，如今卻成為環團眼中的環境殺手，究竟發生什麼事？
「李應元落跑事件」
台灣健康空氣行動聯盟邀請當天會議主席藍委陳宜民與代理主席藍委王育敏，來還原「落跑事件」發生過程。
環委主席陳宜民首先表示，自己在環委質詢完李應元後，隨即趕去教委質詢，並交由藍委王育敏代理主席，當時並無接到李應元的請假通知。接著王育敏就說：「當時署長跟我說要請假，我問他有沒有跟主席（指陳宜民）講過，他說有，那我就說好。」結果當陳宜民回來後大家才發現全都被騙了。
「沒想到李應元居然騙育敏又騙我，其他委員說要問李應元，結果都找不到人。」陳宜民表示，之後大家趕緊打電話找人，最後李應元在電話中表示要去高雄，「已經到高鐵站，來不及回去了。」
環團：屢次落跑當鴕鳥和政客沒兩樣
身為環保署長，根據憲法明定，行政官員到立法院備詢是義務，深澳燃煤電廠牽涉到人民健康、環境污染，環團怒問：「署長當時有什麼事比這更重要嗎？」結果，最後大家一查才知道，原來李應元不是去高雄，而是去台南，而更重要的事就是參加頒獎典禮。
「為了去頒獎，就是一個政客心態。環保署長應該好好待在環保署裡面，立委在諮詢，你就應該去捍衛環保署的價值，頒獎可以讓人去代理啊！」施月英痛罵李應元根本是「政客」，而沒有心要為台灣人民做事。並提到為期多年的中區環保座談會，每年都是環團費心辦理的活動，「前署長沈世宏，是不管什麼時候，一定會排除當日行程來參加，而且是全部人都講完才離開。」她說，沒想到李應元上任兩年來，第一年沒參加，第二年答應說要參加，又臨時取消落跑，最後是環團在臉書上痛批，李應元才趕緊前來，但是會議中途就離席了。
深澳電廠已定？李應元：「尊重環評。」
深澳燃煤電廠的環評大會上，身為主席本應出席的環保署長李應元卻沒有參與，只有副署長詹順貴一人與會，最後由他投下爭議一票，也引發後續風波不斷。因為那晚沒有出席關鍵的環評大會，環保署長李應元在後續立法院受質詢時幾乎都只能支吾其詞，得透過詹順貴出來說明清楚，也讓一開始的砲火都射向他人。
隨著事件延燒越烈，總統蔡英文與行政院長賴清德都出面解釋興建深澳燃煤電廠的必要性，諸多理由包括北部未來會缺電、利用高科技改善空污風險等，可見中央似乎心意已決。而身為人民健康、環境資源最後一道防線的環保署，面對來自上位的壓力，除了深陷風暴中心「腹背受敵」的詹順貴透露許多無奈以外，李應元的態度似乎也與中央同調，16日，「落跑」前，他重申：「環評程序具有公信力，（國人）應尊重（深澳案環差結果）。」身為環保署長但言行舉止都讓許多環團與人民失望。
最後環團認為全面執政的民進黨最應該檢討，並且呼籲主席蔡英文對黨員李應元戒慎懲處，也向賴清德院長呼籲要為自己的閣員負責，最後怒批曾經的民主鬥士，變成今日的落跑署長李應元，應該對自己處理深澳燃煤電廠爭議下台負責。