在2012年10月遭法院撤銷環評結論的中科四期，於12日在環署展開二階環評的範疇界定會議，進行了替代方案的確認。

開發單位中科提出相思寮聚落及耕地保留與低用水、低污染、排放量大減的變更，竹塘鄉公所與環團則堅持不能工業污水排放濁水溪、舊濁水溪，應該由園區自行處理，「污水全回收是底線」彰化環盟理事長施月英如此強調。

選址在彰南農地的中科四期二林園區案，因為搶水、搶優良農地與污水排放等爭議而不斷遭逢抗爭，雖在2008年通過環評，更陸續在2010、2012年提出環差，調整園區土地使用配置與引進產業，回應了爭議，而有相思寮聚落原地保留、私人耕地易地保留與用水用電量及污染排放大幅減少的計畫修改，但此環評仍在2012年10月遭到撤銷，中科則在2014年6月的第262次環評大會主動提出進入二階環評，而重啟環評程序。

當時法院判決中提出工業區閒置、糧食安全、違反區域開發計畫、地層下陷等問題，認定中科四期開發違背「適當而合理」的相關法律與原則。而彰化縣長魏明谷上任後，也明確提出「北彰工、南彰農」的政策宣示，且周遭已有二林精機科技園區，兩者之間的競合，都是此案在二階環評中需面對的問題。

此次中科提出主方案與替代方案，主方案為在台糖大排沙與萬興農場進行631公頃的開發，計畫引進光電、半導體、精密、生技與綠能等產業，用水量2萬CMD、用電量389,000kW、放流水量2萬CMD與VOCs200公噸/年。

其中放流水排放置南側濁水溪，與空污排放增量將由台中園區的減量成果來抵換的計畫，都遭到民間的反對。竹塘鄉公所對於設置14.2公里的排放專管在自強大橋下游1公里處排放相當不滿，直問為何不就近處理，要繞一大圈來污染當地，要求中科做到零排放。

至於空污排放抵換的部分，雖然在2012年已獲環署空保處核備在案，但彰化醫界聯盟與要健康婆婆媽媽團也強調二林的PM2.5濃度去年為全國第二，且增量為全國第一，當地居民的健康面臨威脅，因此不願接受。

替代方案的部分則有開發地點、開發方式與環保措施的替代方案列入討論。

包括改用中部閒置的大型工業區用地、中科其他基地，轉作生技、機械化有機農業生產園區等。

其中環保措施的替代方案著重在放流水排放，雖然中科提出減少放流水、排放至舊濁水溪、海洋放流、排放至水深20公尺外海等，但到場的環團與居民強調僅願接受「全回收零排放」這一項。