中南部空品屢傳惡化，實際上中南部空汙除天氣、地理因素和大型發電廠問題，中小型老舊工廠也是問題來源之一，卻甚少被管控，像是看不見的隱形汙染源，也成了空汙防制漏網之魚。環團認為，政府針對中小型老舊工業區應建立「汙染指紋」，超標就開罰，另也應給予改善製程或設備補貼，棒子蘿蔔並進。

環團解釋，所謂「汙染指紋」，是指事先了解該工廠的製程，登錄可能排放的汙染源，屆時發現某汙染源超標時，就可循線追查是哪家工廠偷排。

彰化縣環境保護聯盟總幹事施月英說，彰化雲林工業用地多，像彰化有十二個老舊工業區，長期排放汙染，卻僅一處空品監測站；而環保署及地方環保局人力不足，民眾就算有心檢舉，也無法根除工廠偷排廢氣、廢水等問題。中小型老舊工業區應增設更多監測站，才知道哪些工業區汙染嚴重，優先減排、改善汙染源。

中興大學環工系教授莊秉潔說，根據環保署的空品模擬分析，發現彰化模擬數值跟實際觀測有落差，空汙模擬值顯著偏低，但觀測出來卻偏高；嘉義也有這現象，代表環保署模擬不精準，漏估排放量。

另依環保署規定，各行業鍋爐、廢棄物焚化程序、紙漿業、石化製程廢氣燃燒塔等都須裝連續自動監測設施(CEMS)，全時監測大型固定汙染源排放管道的汙染排放情形，供主管機關遠端連線監控，但有些中小型工廠為省成本，未打開防制設備，主管機關就沒連線資料。

莊秉潔還說，沒打開防制設備下的汙染排放量，可能是正常防制操作下的十倍以上。

屏東環保聯盟常務理事洪輝祥也說，屏東主要有三個工業區，裡頭都是老舊工廠，過去也曾要求設置監測點或裝設微型感測儀器等，都沒有下文。曾有皮革工廠排放廢氣、汙水，最後雖遭強制關廠，但是光檢舉、蒐證、檢測到關廠，長達三年。

洪輝祥認為，應要求中小型工廠做「汙染指紋」，才可了解該廠區是屬於某種製程，稽查排放源時就可鑑定出哪種汙染超標、是哪家工廠排出，否則就算汙染再嚴重，也難以舉證，無法「破案」。工廠若願改善製程，則可給予二成補貼。

台南社大環境小組副研究員林政翰也說，「汙染指紋」是一個做法，另可要求中小型工廠改善老舊設備，大工廠被徵收較高的空汙費，補貼中小型工廠汰換設備。